O Instituto de Estudos Medievais é uma unidade de investigação fundada em 2002 que se  constituiu a partir da dinâmica impulsionada pelo Núcleo Científico de Estudos Medievais da FCSH que congregou, nos anos 90 do  século XX, a maior parte dos investigadores da Faculdade que se dedicavam aos Estudos Medievais, desde sempre encarados  numa acepção pluridisciplinar.

Quer no contexto nacional, quer no internacional, o Instituto beneficia de uma herança prestigiada, associada sobretudo aos seus fundadores - José Mattoso e Luís Krus -, revelando ainda uma forte identidade própria, pois é a única unidade de investigação  em Portugal exclusivamente dedicada aos Estudos Medievais, simultaneamente, juntando a Arqueologia, a História, a História de Arte, a História da Música e a Literatura. Adquire, assim, uma especificidade própria decorrente da abrangência metodológica e da inter e multidisciplinaridade, que ultrapassa o mero âmbito das ciências sociais e humanas.

Tendo como instituição de acolhimento a Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, a sua missão  integra-se nos princípios estatutários desta unidade orgânica que atribuem às UIs a função de entidades promotoras  do desenvolvimento da investigação e da cultura científicas na sua área específica, a formação de investigadores  e a prestação de serviços à comunidade. O IEM foi avaliado em 2013 com a classificação de MUITO BOM pelos avaliadores da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT).

Desde sempre que os objectivos principais do IEM se orientam para:

1. Promover o pensamento crítico e o debate no campo temático dos Estudos Medievais, colocando forte ênfase na interdisciplinaridade e na abordagem comparativa;
2. Estimular a produção de conhecimento inovador sobre tópicos da Idade Média, com particular atenção ao contexto de Portugal e da Península Ibérica, através de actividades de investigação, de discussão científica e de projectos;
3. Fomentar a formação de jovens investigadores mediante a sua integração nas equipas de investigação sob tutela de investigadores experimentados;
4. Promover a participação proactiva e autónoma de doutorandos e investigadores de pós-doutoramento nas várias linhas de investigação do Instituto;
5. Desenvolver uma estratégia de divulgação junto de públicos alargados e diversificados dos resultados de investigação em torno de temáticas medievais que promovam a interdisciplinaridade e a perspectiva comparativa;
6. Incrementar o intercâmbio científico e académico e a formação de redes de trabalho com centros de investigação nacionais e internacionais, de pesquisa científica de excelência, que partilhem objectivos idênticos ao IEM no campo dos Estudos Medievais;
7. Colaborar com a FCSH para a manutenção contínua e sustentada de oferta formativa, em todos os níveis de estudo (licenciatura, mestrado e doutoramento), de modo a garantir um diálogo permanente entre investigação e ensino.